Geschichte der Orgel
1861 wurde mit dem Orgelbauer Joseph Merklin (Paris/Brüssel) ein Werkvertrag abgeschlossen. 1864 wurde die Orgel durch Rudolf Loew eingeweiht. Das damals 2 manualige Instrument hatte 29 Register und verfügte über eine Balgtretanlage, die von Calcanten bedient werden musste. Während des ersten Umbaus 1899 wurde der elektrische Antrieb eingebaut, sowie 4 Register auf pneumatischen Kegelladen.

Die Orgel - ein Spiegel der Zeit
Es folgten zahlreiche Umbauten die den ästhetischen Ansprüchen der Zeit Folge leisten sollten und der Elisabethenorgel das heutige Gesicht verleihen. So wurde 1913 ein drittes Manual eingebaut sowie 11 neue Register. (Die sich unter den 11 neuen Register befindenden Aliquoten wurden damals noch sehr schwach intoniert, weswegen nicht von "Barockisierung“ gesprochen wird). Diese Vergrösserung bedingte eine Verschiebung der gesamten Orgel um 80 cm nach vorne. Vorgenommen wurde der Riesenumbau vom damaligen Münsterorganist Adolf Hamm und Josef Zimmermann. 1934 Revision durch A. Thurnherr. Einbau eines neuen Gebläses und Stillegung der Tretanlage. 1937 wurden die alten Zungenregister durch Theodor Kuhn AG ersetzt. 1994 Reinigung und Generalrevision durch Eduard Müller, Bottmingen.

Organisten und Organistinnen an der Elisabethenkirche
Rudolf Löw, Ernst Sigg, Peer Fassbaender, Rolf Steiner, Susanne Ledermann, Cécile Probst, Susanne Kern. Seit 2004 Nicola Cittadin.

Die Orgel wird gespielt:
An den Mittagskonzerten jeweils am ersten Mittwoch des Monats (zu hören sind Studierende der Orgelklasse der Musikhochschule Basel), sowie von OrganistInnen aus Nah und Fern, an Gottesdiensten, Hochzeiten und Beerdigungen, Vernissagen, Gesellschaftlichen Anlässen, Orgelführungen.